З байкальской нерпа пов'язано багато таємниць. Походження її до цих пір залишається неясним. Які шляхи привели в Байкал звіра, найближчі родичі якого живуть в трьох тисячах кілометрів на морях Північного Льодовитого океану? Висловлювали різні припущення. Більшість учених дотримуються точки зору дослідника І. Д. Черського, який вважав, що нерпа проникла в Байкал в льодовикову епоху з Північного Льодовитого океану через систему Єнісей - Ангара.